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Por otro lado, en el aspecto procesal, el Decreto Ley No. 25.475 contempló el
esquema procesal aplicable al tipo básico de terrorismo y demás figuras delictivas
reguladas en dicha norma. El Decreto Ley No. 25.659, de 13 de agosto de 1992,
excluyó el hábeas corpus en el caso de procesados por delitos de terrorismo. Por su
parte, el Decreto Ley No. 25.728, de 18 de septiembre de 1992, instituyó la condena
en ausencia. A su vez, el Decreto Ley 25.708, de 10 de septiembre de 1992,
estableció que los delitos de traición a la patria se juzgarían a través del proceso
denominado “Teatro de Operaciones”, previsto en el Código de Justicia Militar.
Finalmente, el Decreto Ley No. 25.744 estableció reglas aplicables a la investigación
policial, instrucción y juicio de los delitos de traición a la patria.
En relación con el ámbito penitenciario, se aplicó el régimen previsto en los Decretos
Ley Nos. 25.475 y 25.744. Más tarde, el 25 de junio de 1997, se dictó el Decreto
Supremo número 005-97-JUS, que aprobó el “Reglamento del Régimen de Vida y
Progresividad del Tratamiento para Internos Procesados y/o Sentenciados por delito
de Terrorismo y/o Traición a la Patria”. Esta norma, en su artículo 1, excluyó su
aplicabilidad a los líderes y cabecillas recluidos “en las bases militares por razones de
seguridad nacional”, para quienes continuaba vigente el Decreto Ley No. 25.475.
Esta norma fue complementada por la Resolución Ministerial 182-97-JUS, de 21 de
agosto de 1997, y modificada por los Decretos Supremos 008-97-JUS, de 20 de
agosto de 1997, y 003-99-JUS, de 18 de febrero de 1999.
La Defensoría del Pueblo ha cuestionado permanentemente la legislación
antiterrorista. En el ámbito sustantivo, el cuestionamiento se planteó en torno al
principio de legalidad establecido en el literal d) inciso 24 del artículo 2 de la
Constitución peruana y en el artículo 9 de la Convención Americana, “concretamente
desde sus exigencias de certeza o taxatividad de los tipos penales”. Lo anterior,
debido a que los tipos de terrorismo -Decreto Ley No. 25.475- y traición a la patria Decreto Ley No. 25.659-, presentaban elementos similares que generaban
indeterminación en el tipo aplicable. Se utilizó intensivamente en los tipos penales el
recurso a términos y conceptos ambiguos y genéricos que ampliaban el margen de la
discrecionalidad de la Policía, el Ministerio Público y los jueces en la calificación
típica.
En el ámbito procesal, el cuestionamiento se sustentaba en la indebida ampliación de
las facultades de la Policía Nacional. Se entregaba a esta institución la dirección
jurídico funcional de la investigación de los delitos de terrorismo, cuando ello, de
acuerdo con el inciso 4 del artículo 159 de la Constitución Política del Perú,
corresponde al Ministerio Público. Se cuestionó también la detención por sospecha,
que contravenía el artículo 2, inciso 24, literal f) de la señalada Constitución
(detención por delito flagrante y decisión motivada y escrita del Juez) y el artículo
7.2 de la Convención Americana. La incomunicación en casos excepcionales
vulneraba también el derecho de defensa, en cuanto no permitía las entrevistas,
incluso con el abogado defensor.
Resultaba contrario al derecho a la presunción de inocencia la obligación que
establecía que el juez dictaría mandato de detención una vez emitido el auto de
instrucción, en el plazo de 24 horas, así como también la prohibición de ofrecer como
testigos a quienes intervinieron por razón de sus funciones en la elaboración de los
atestados policiales, y la prohibición de conceder algún tipo de libertad, salvo la
libertad incondicional.