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149.
Como surge del acervo probatorio del presente caso y del artículo 1 del Código de
Justicia Militar chileno, la facultad de conocer las causas civiles y criminales de la jurisdicción
militar, “de juzgarlas y de hacer ejecutar lo juzgado” pertenece exclusivamente a los
tribunales militares establecidos en el mismo Código. Estos tribunales militares mantienen
jurisdicción sobre chilenos y extranjeros, para juzgar todos los asuntos de la jurisdicción
militar que sobrevengan en el territorio nacional.
150.
Tal como surge del acervo probatorio y del peritaje de la señora María Inés Horvitz,
la estructura orgánica de la justicia militar en Chile, en tiempos de paz, está compuesta por
tres instancias integradas por jueces, fiscales, auditores y secretarios, quienes son militares en
servicio activo, pertenecen a “un escalafón especial de justicia militar” y mantienen su posición
de subordinación y dependencia dentro de la jerarquía militar. La jurisdicción militar se ejerce
por los Juzgados Institucionales, los Fiscales, las Cortes Marciales y la Corte Suprema.
151.
Los Juzgados Institucionales se dividen entre los Juzgados Militares, Navales y de
Aviación. La primera instancia la ejercen los cinco Juzgados Navales con asiento en las
ciudades en donde se encuentran las cuatro zonas navales militares (Valparaíso, Talcahuano,
Punta Arenas e Iquique) y en el buque insignia de la Escuadra. Cada Juzgado Naval está
integrado por el fiscal naval, el juez naval, quién es el Comandante en Jefe de la respectiva
zona naval y no necesariamente es un abogado, el auditor, quien debe ser abogado y es
designado por el Presidente de la República para aconsejar al juez militar, y los secretarios del
juez y del fiscal. El Comandante en Jefe de una Unidad Militar tiene jurisdicción sobre el
territorio de su mando.
152.
La segunda instancia, en tiempos de paz, la ejerce “una Corte Marcial del Ejército,
Fuerza Aérea y Carabineros”, con asiento en Santiago, y “una Corte Marcial de la Armada, con
sede en Valparaíso”. La Corte Marcial de la Armada está integrada por dos Ministros de la
Corte de Apelaciones de Valparaíso, elegidos por sorteo anual, el Auditor General de la Armada
y un Oficial General de la Armada en servicio activo en la misma institución. Estos dos últimos
desde 1991 tienen inamovilidad por tres años. La Corte Marcial tiene competencia para
conocer de las apelaciones respecto de las decisiones de los juzgados navales y de los recursos
de amparo interpuestos a favor de individuos detenidos o arrestados por una orden de una
autoridad militar. A diferencia de los juzgados navales de primera instancia, los jueces de las
Cortes Marciales tienen formación jurídica. Sin embargo, los militares que integran las Cortes
Marciales se encuentran en dependencia jerárquica con los mandos militares superiores.
153.
La última instancia militar, en tiempos de paz, la ejerce la Corte Suprema de Justicia
de Chile con sede en Santiago, la cual, cuando tiene que conocer la apelación de una decisión
dictada por un tribunal militar inferior, como los Juzgados Institucionales o las Cortes
Marciales, se integra a sus miembros un Auditor General del Ejército.
154.
Los Fiscales, que ejercen la jurisdicción militar, son abogados y “tienen un grado
[militar] inferior en jerarquía que los jueces y auditores”. “Los Fiscales son los funcionarios
encargados de la sustanciación de los procesos y [la] formación de las causas de la jurisdicción
militar, en primera instancia”. El fiscal instruye la investigación del delito y “tiene poderes para
dictar dentro del proceso medidas cautelares personales, como la prisión preventiva” o
“medidas intrusivas”, que pueden afectar derechos fundamentales del imputado. Los Fiscales
están encargados de recoger y consignar todas las pruebas pertinentes, detener a los
inculpados y producir todos los elementos de convicción que sean del caso.
155.
La Corte estima que la estructura orgánica y composición de los tribunales militares
descrita en los párrafos precedentes supone que, en general, sus integrantes sean militares en
servicio activo, estén subordinados jerárquicamente a los superiores a través de la cadena de
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