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El 29 de junio de 1990 el Juzgado Tercero de Instrucción Criminal emitió una resolución en la que señaló
que se podía afirmar que alias “Jacinto” y el señor Lalinde eran la misma persona por lo cual se remitió el caso
a la Justicia Penal Militar. Las diligencias realizadas ante la jurisdicción penal militar estuvieron relacionadas
con la toma de declaraciones a militares a efectos de confirmar la relación entre el señor Lalinde y alias
“Jacinto”.
En 1992 el Juez 121 de Instrucción Penal Militar realizó una serie de diligencias de exhumación en
diversas zonas donde habría ocurrido los hechos, y se encontraron restos óseos de los cuales se realizó un
examen de ADN pero que no generaba coincidencias con las del señor Lalinde. Posteriormente, se realizó un
examen en Estados Unidos, el cual concluyó que sí se trataba de los restos del señor Lalinde por lo cual, en 1996
se entregaron a Fabiola Lalinde 69 huesos identificados como del señor Lalinde.
Inicialmente fueron vinculados por la muerte del señor Lalinde el Capitán Jairo Enrique Piñeros Segura
y el Subteniente Samuel Jaime Soto. Sin embargo, el 19 de marzo de 1993 el Juzgado 121 de Instrucción Penal
Militar se abstuvo de imponer medida de aseguramiento en contra de dichas personas y en octubre de 1996 y
en marzo de 1998 se emitieron resoluciones para cesar el proceso. La decisión de cerrar el proceso ante la
jurisdicción penal militar fue confirmada el 6 de abril de 1999 mediante sentencia del Tribunal Superior Militar.
La Procuradora Judicial Penal II de Bogotá impugnó la sentencia y solicitó el traslado de la investigación a la
jurisdicción penal ordinaria. Dicha solicitud fue rechazada y en 2012 se presentó una acción de revisión ante la
Corte Suprema de Justicia, la cual emitió una resolución en 2014 ordenando a las autoridades militares que
remitan el expediente a la Fiscalía General de la Nación.
En 2015 se asignó la investigación a la Fiscalía 120 de la Dirección de Fiscalías Nacionales Especializadas
de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario y ese mismo año se expidió una resolución para
la práctica de pruebas con el fin de impulsar la investigación, solicitando actualizar datos biográficos, obtener
hojas de vida, cédulas de los miembros del ejército que participaron en los hechos, así como ubicar la
investigación disciplinaria en contra del Capitán Jairo Enrique Piñeros Segura y el Subteniente Samuel Jaime
Soto. De acuerdo con lo informado por la parte peticionaria, la investigación no había avanzado y no se había
llamado a juicio a ninguna persona. Aunado a esto, a pesar de existir otros militares involucrados en los hechos,
no se realizó ninguna diligencia para sindicarlos en el proceso.
Por otra parte, la señora Lalinde inició un procedimiento ante la jurisdicción contencioso-administrativa
por motivo de una decisión del 11 de septiembre de 1996 en la cual el Comité de Ministros rechazó su solicitud
de indemnización por la detención y muerte del señor Lalinde. Como resultado de dicho proceso, se obtuvieron
dos resoluciones, del 21 de noviembre de 2000 y del 14 de junio de 2016, en las cuales se reconoció el pago por
concepto de perjuicios morales y por concepto de daño emergente y lucro cesante por la muerte del señor
Lalinde.
En su Informe de Fondo No. 292/21 la Comisión observó que, si bien luego de los hechos se abrieron
investigaciones tanto en la jurisdicción penal ordinaria como en la jurisdicción penal militar, esta última realizó
prácticamente todas las diligencias iniciales y que en 1990 se pasó por completo toda la investigación a la
jurisdicción penal militar. Con respecto al fuero militar, la Comisión resaltó que, tratándose de violaciones de
derechos humanos y puntualmente de violaciones de los derechos a la vida e integridad personal, los hechos
no pueden ser considerados en forma alguna delitos de función y, por lo tanto, la investigación debió
adelantarse en el fuero ordinario. En virtud de esto, la Comisión concluyó que, al aplicar la jurisdicción penal
militar, el Estado colombiano violó los derechos a las garantías judiciales y protección judicial, específicamente
el derecho a contar con una autoridad competente, independiente e imparcial, así como a contar con un recurso
judicial adecuado y efectivo.
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