Los hechos del caso se refieren a la desaparición forzada -desde el 1 de abril de 1981- del dirigente político indígena maya Florencio Chitay Nech, y la falta de diligencia en la investigación de los hechos. La Corte IDH ubicó los mismos en el contexto del conflicto armado interno ocurrido entre 1962 y 1996, época en que la desaparición forzada de personas constituyó una práctica estatal llevada a cabo por fuerzas de seguridad en Guatemala, con la finalidad de castigar no sólo a la víctima sino también al colectivo político o social al que la misma pertenecía.

La Corte IDH aplicó estándares sobre desaparición forzada de personas como una violación múltiple de derechos humanos. Asimismo desarrolló criterios sobre la obligación de garantizar el goce de los derechos políticos a miembros de comunidades indígenas y étnicas, y sobre los efectos del desplazamiento forzado de la familia de la víctima dentro de un contexto de violencia sistemática en contra de los grupos indígenas mayas que resultó en afectaciones a su identidad cultural.