Los hechos del presente caso se refieren a la ejecución extrajudicial, torturas y malos tratos de personas privadas de libertad en dos pabellones del penal Miguel Castro Castro -reclusorio de máxima seguridad- quienes, en su mayoría, cumplían condena por delitos de terrorismo.

La masacre se desarrolló al amparo del llamado "Operativo Mudanza 1" ocurrido en mayo de 1992. Durante el operativo los agentes estatales -policía y ejército- utilizaron armas de guerra, bombas lacrimógenas y paralizantes contra los internos, iniciando las acciones en un día de visitas femeninas en el Penal. Los sobrevivientes fueron obligados a permanecer en las zonas del penal denominadas “tierra de nadie” y “admisión”, tendidos boca abajo sobre la tierra, sin abrigo y recibiendo constantes golpes y agresiones durante varios días hasta su traslado a otros penales. Una vez reubicados, continuaron las golpizas, las malas condiciones de alimentación y, muchos heridos no contaron con atención médica adecuada y oportuna.

La Corte IDH estableció estándares sobre uso excesivo de fuerza utilizada en la realización de esta operación, por las torturas y malos tratos a los que fueron sometidos los internos y hace especial referencia a la violencia de género. En este sentido, la Corte IDH tomó en cuenta la forma diferencial en que los hechos afectaron a las mujeres, señalando cómo la forma en que la violación de derechos por parte del Estado puede también tener el objetivo de causar un efecto en la sociedad.

Asimismo, la Corte IDH consideró que durante la década del 80 y hasta finales del 2000, se vivió en Perú un conflicto entre grupos armados y agentes de las fuerzas policiales y militares. Este conflicto se agudizó mediante una práctica sistemática de violaciones a los derechos humanos -entre ellas ejecuciones extrajudiciales y desapariciones forzadas- de personas sospechosas de pertenecer a grupos políticos opositores que fueron realizadas por agentes estatales siguiendo órdenes de jefes militares y policiales.