8 de diciembre el Tribunal de Garantías Constitucionales resolvió que “permane[cía] inalterable la resolución de la Corte Suprema de Justicia venida en casación”, decisión que fue publicada en el Diario Oficial “El Peruano” (supra párr. 11). 41. El Segundo Juzgado de Instrucción Permanente de Marina abrió un proceso para determinar la posible responsabilidad penal de los miembros de la Marina que debelaron el motín, en el que, además de los reclusos muertos, fallecieron también tres miembros de la Infantería de Marina, heridos por proyectiles de armas de fuego, y uno de los rehenes que pertenecía a la Guardia Republicana. Entre las conclusiones a que llegó el Juez Instructor consta que el número de internos rendidos fueron 34; el de fallecidos 97, a los cuales deben agregarse los restos óseos que conforman por lo menos catorce personas más, para un total de 111 internos muertos; que la remoción de los escombros del penal se cumplió con muchas dificultades entre el 20 de junio de 1986 y el 31 de marzo de 1987; que de los 97 cadáveres (excluidos los restos que conformarían catorce personas) sólo fueron identificados cuatro (esta cifra contrasta con la establecida en las pericias dactiloscópicas que señalan siete identificados). Al respecto se dice: 21. La labor de identificación practicada por personal de la Policía de Investigaciones, se vio dificultada por el estado de putrefacción, saponificación y momificación de la mayoría de los cadáveres y restos óseos hallados en la remoción de escombros; estos últimos por su propia naturaleza no pueden ser identificados. Asimismo no ha sido posible realizar el cotejo de las muestras dactilares tomadas por la DIP-PIP y la Dirección Contra el Terrorismo (DIRCOTE), con las que aparecen en las fichas de identificación que obran en los archivos del INPE, al no haber sido remitidas, pese a reiterados requerimientos del juzgado. 22. Que los odontogramas realizados [por personal de la Sanidad Naval] en los cadáveres en que fue posible hacerlos, no fueron homologados por cuanto los internos no contaban con este procedimiento de identificación, tanto en el INPE como en la DIP en Lima y Callao y DIRCOTE. Cabe anotar que en muchos de los protocolos de necropsias aparece la de aplastamiento y traumatismos múltiples como una de las causas de muerte. El Juzgado de Marina señaló también que no se había podido establecer el número total de internos que se encontraban en el penal el día que comenzó el motín, pues las fichas de identificación penal no habían sido entregadas al Juzgado. El 6 de julio de 1987, se sobreseyó la causa y se determinó la no responsabilidad de los encausados, decisión que fue confirmada el 16 de los mismos mes y año por el Consejo de Guerra Permanente de Marina. 42. El proceso fue reabierto por decisión del Consejo Supremo de Justicia Militar para realizar las diligencias que faltaban, ninguna de las cuales se refiere a la identificación de los fallecidos. El 5 de octubre de 1987 el Segundo Juzgado de Instrucción Permanente de Marina ratificó el 6 de julio de 1987 su decisión de sobreseimiento, lo que fue confirmado por el Consejo de Guerra Permanente de Marina el 7 del mismo mes de octubre. Una vez más, el Consejo Supremo de Justicia Militar acordó el 23 de diciembre de 1987 reponer la causa al estado de instrucción y habilitar para ese efecto la jurisdicción de su Sala de Guerra. Este proceso concluyó el 20 de julio de 1989, con la decisión de que no había responsabilidad de quienes intervinieron en la debelación del motín. 43. El Congreso del Perú designó una comisión investigadora sobre los sucesos ocurridos en el Penal San Juan Bautista y dos penales más, la cual se instaló formalmente el 7 de agosto de 1987. En diciembre de ese último año la comisión presentó al Congreso un informe de mayoría y otro de minoría.

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