Los hechos del caso se refieren a la desaparición forzada de un grupo de niños ocurrida entre los años 1981 y 1983 -primeros años del conflicto interno armado que afectó a El Salvador-, por parte de miembros de cuerpos militares en el contexto de "operativos de contrainsurgencia". Las víctimas fueron separadas de sus familias y desaparecidas a través de diferentes modalidades, tales como adopción formal e informal, apropiación por parte de militares e incluso algunas habrían sido víctimas de tráfico ilegal.

El Estado realizó un reconocimiento de responsabilidad internacional por los hechos -incluyendo el patrón de desaparición forzada de niños y niñas- frente a la que la Corte IDH analizó las garantías vulneradas desarrollando estándares acerca de las características y efectos de la desaparición forzada; el derecho a la identidad, el derecho a la familia, al nombre y las medidas de protección especial de la niñez. Asimismo, la Corte IDH hizo referencia al derecho de acceso a la justicia en tiempo razonable, y el acceso a información de archivos militares.