Los hechos del caso se refieren a la responsabilidad internacional del Estado por el trato discriminatorio y la interferencia arbitraria en la vida privada y familiar sufrida por Karen Átala Riffo debido a su orientación sexual en el proceso judicial que resultó en el retiro del cuidado y custodia de sus hijas. Del mismo modo, se relaciona con la inobservancia del interés superior de las niñas cuya custodia y cuidado fueron determinados sobre la base de supuestos perjuicios discriminatorios.

La Corte IDH desarrolló estándares sobre la orientación sexual como componente de la identidad de la persona y parte de su vida privada y su consideración como categoría protegida por la garantía de no discriminación. También declaró incompatibles con el derecho internacional interamericano las valoraciones basadas en estereotipos por orientación sexual o preferencias culturales respecto de ciertos conceptos tradicionales de familia para la determinación del interés superior de niños y niñas en relación con su cuidado y custodia.