Los hechos del caso se refieren a la desaparición forzada de 26 personas, la ejecución extrajudicial de Rudy Figueroa Muñoz y detención y tortura de una niña. Los datos de las víctimas fueron encontrados en los registros del denominado “Diario Militar,” documento que contenía información confidencial de inteligencia militar, así como listas sobre organizaciones de derechos humanos y medios de prensa. La Corte IDH ubicó los hechos en el marco de una práctica estatal sistemática de desaparición forzada, que eran parte de una política de ataque a las personas identificadas como enemigos internos dentro de la llamada "Doctrina de Seguridad Nacional".

La Corte IDH aplicó estándares acerca de las múltiples violaciones de derechos en que ese traduce la desaparición forzada, resaltando que a la época de los hechos existía un patrón sistemático de desaparición forzada y de utilización de centros clandestinos de detención.

La Corte IDH desarrolló cuestiones referidas a la violación de la libertad de asociación y de expresión de las víctimas, y estándares acerca de la obligación especial de investigar con debida diligencia y en plazo razonable los hechos derivados de la desaparición forzada, en particular hizo foco en relación con la violencia sexual.