Los hechos del caso se refieren a una serie de masacres sucesivas -ocurridas en diciembre de 1981 al norte del Departamento de Morazán- en el marco de un operativo militar, y que resultaron en la muerte de aproximadamente un millar de personas entre las que se encontraban un alto número de niñas y niños. Las investigaciones derivadas de estos hechos fueron cerradas como consecuencia de la aplicación de la Ley de Amnistía.

Pese al reconocimiento de responsabilidad efectuado por el Estado, la Corte IDH estableció el marco fáctico atendiendo a la relevancia histórica de los hechos denunciados que tienen referencia directa a un periodo de violencia extrema durante el conflicto armado interno, y que respondió a una política de Estado caracterizada por acciones militares de contrainsurgencia que tuvieron como finalidad el aniquilamiento masivo e indiscriminado de los poblados que eran asimilados por sospecha a la guerrilla.