Los hechos del caso se refiere a la ejecución extrajudicial de Juan Humberto Sánchez tras ser detenido por un grupo de militares armados, sin mediar orden judicial y debido a sus presuntas vinculaciones con guerrilleros del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN).

La Corte IDH ubicó los hechos en un contexto -vigente durante los años 80 y principios de los 90- de desapariciones forzadas y ejecuciones cometidas por fuerzas militares al amparo de la doctrina de seguridad nacional, en razón de la que capturaban a personas "peligrosas". En ese escenario los militares controlaban a la policía y los jueces se sentían intimidados de investigar los hechos.

La Corte IDH estableció estándares acerca de la detención ilegal y arbitraria, así como sobre las torturas que quedaron evidentes por las condiciones en que fue encontrado el cuerpo de la víctima.